GPU-slot

Jag undrar lite om prestanda i olika GPU-slots. I min manual till moderkortet i min signatur rekommenderas att man har GPU i översta PCI-e om man bara kör med ett grafikkort. Eftersom jag bara har ett kort och massor av plats tycker jag att det är bättre att sätta GPUn längre ner så jag får mer luft mellan GPU och CPU-kylaren.

Vad förlorar man egentligen i prestanda om båda slottarna är samma version av PCIe? Tycker det är dumt att klämma ihop alla komponenter på liten yta när det finns gott om plats.