Jag skulle gissa att när CPU användningen är låg så gör den någon task som inte skalar över flera kärnor, för att sedan gå upp när den kan utnyttja alla trådar.
hade samma problem på mitt x58 moderkort. för mig var det ram "platserna" som slutade fungera tillsist (plåga med rätt mycket överklockning osv) så köpte 2x4gb ram istället