Kolla Windows power settings för hårddiskarna, antagligen är den inställd på att stänga av diskarna efter 20 minuter av inaktivitet eller liknande, och då slutar explorer att svara en liten stund när disken startar igen. Sätter du tiden på 0 stänger windows aldrig av diskarna, och det kan ju vara gött.
Annars, chkdsk som sagt. Kolla SMART-status med HD Tune eller Crystaldiskinfo.