Du fick en Y-kabel till kylaren när du köpte den. Koppla in båda fläktarna i CPU uttaget via den, så styrs de tillsammans beroende på CPUns temperatur.
I och med att det är identiska fläktar så kommer du inte att tjäna något om du skulle styra dem var för sig, kanske om du skulle kunna stänga av en fläkt vid låg last för att minska ljudnivån något, men det är nog rätt troligt att något låter högre än den oavsett om du har en eller två fläktar igång.