Har lyckats lösa det! Jag vill beskriva vad jag gjorde i detalj för er som hjälp mig och för efterföljande offer.
Började om från början med målet att få in mittpinnen först. Testade att montera kortet i stående ställning med IO-portarna nedåt (istället för i klassikt liggande position). Det underlättade väldigt mycket då det finns väldigt mycket flex i IO-skölden som "trycker ifrån" chassit, så gravitationen hjälpte till att trycka ned kortet mot chassit. Med lite extra hjälp med ett medelhårt tryck ovanpå kortet så snappade mittpinnen in helt kleant!
Problemet med att hålen inte hamnar rakt ovanför gängorna kvarstod dock. Hålen till vänster hade alla samma fel mellan hål/gänga, och alla till höger hade motsatt fel => moderkortet har ett rotationsfel runt mittpinnen! Genom att lägga en ganska stor kraft på IO-delen "snett uppifrån" så roterade moderkortet perfekt på plats (det är definitivt metallen på IO-skölden som trycker ifrån som leder till rotationsfelet!). Jag började att skruva in en skruv på övre vänster hörn (ovanför IO-portarna) samtidigt som jag applicerade tryck på IO-delen. När skruven väl var inne så låg alla hål helt perfekt ovanför gängorna och jag kunde lätt skruva in resten.
Med IO-delen så menar jag hela klossen runt om IO-portarna.
Slutsats: Productionsfel på IO-skölden på mitt moderkort eller lättare inkompabilitet mellan moderkort och chassi.
Se bilder som beskriver vad jag menar här: https://imgur.com/a/fVOuKvR
Tack allihop för hjälpen, alla tips var grymt användbara och hjälpte mig att hitta en lösning till slut God jul på er!