Grundproblemet med kylning av en liten area (t.ex en CPU) är ju att frakta bort värmen till stället där den ska överföras till luften.
Och vatten är väldigt bra på just detta.
Visserligen fungerar heatpipes ganska bra, och även vanlig ledning genom en metall räcker till mycket, men vatten är oslagbart ändå.
När det kommer till själva överföringen av värmen till luften så har vatten (via en radiator) även en fördel där.
För du kan ju relativt enkelt se till att hela radiatorn är med och kyler, jämfört med en vanlig kylfläns där effektiviteten minskar ju längre ut på flänsarna du kommer.
Och eftersom hela radiatorn blir en effektiv fläns så fungerar även fläktarna bättre, hela fläktarean blir väldigt effektiv jämfört med en vanlig fläns där varmare ytor (nära en heatpipe eller själva basen) blir effektivare.
Så t.ex 2x120mm blir effektivare på en radiator än vad dom blir på en fläns.
En liten nackdel (men bara liten) är att förfyllda vattensysten oftast har väldigt liten massa i kylblocket.
En stor massa (som t.ex en vanlig kylfläns) kan ju enklare absorbera toppar i ström(värme)förbrukningen, medans en liten massa måste förlita sig mer på strömningen av vatten eller luft.
En större nackdel med vattensystem är dock att dom är betydligt mer komplexa än en vanlig fläns, och i princip inte erbjuder någon "falisafe" i form av passiv kylning.
Så dör pumpen så har du inom ett par sekunder en väldigt varm CPU, medans en stor vanlig fläns klarar sig betydligt bättre (särskillt om du har vettig chassiventilation).