Bootar inte datorn och frågar efter ett boot device när SSD'n är angiven som primary i BIOS så är SSD'n inte bootbar.
Jag undrar, och ber om ursäkt om det är en dum fråga, men har du möjligtvis "installerat windows" på din SSD genom att kopiera alla filer från HDD'n?
En korrekt installerad windows-disk har alltid en systempartition på 100-350mb, så att det är en sådan på din stora HDD är inget konstigt.