Logga in som vanlig användare och öppna en terminal, skriv su och tryck sedan enter. Datorn kommer att fråga efter lösenord och det är det som du satte som root lösenord som du ska skriva in där.
Jag tror visserligen inte att det kommer fungera som root heller, du behöver stöd för NTFS i kerneln för att det ska fungera, vet inte riktigt hur Ubuntu gör med det men jag antar att det inte är standard i en Ubuntu installation.
Edit: Såg att du skrev att det var FAT efter att jag hade svarat. Då kan det fungera som root att kopiera. Testa annars att skriva mount i en terminal för att få reda på vilka enheter som är monterade och skriv outputen här. Jag har inte tillgång till någon burk med Linux på nu tyvärr men jag försöker hjälpa dig så gott jag kan.