Betydligt mer text än jag först tänkt mig:
Börja med att fundera över vilka tjänster du vill att servern ska driva, och sedan tackla en av de i taget. Det går inte att sätta upp någon form av universellt användarsystem som alla tjänster respekterar och begränsas av. Owncloud exempelvis har sitt eget användarsystem som den hanterar själv, och den bryr sig inte alls om vilka konton någon annan tjänst har.
Du börjar förslagsvis med att montera de tre hårddiskarna någon stans, förutsatt att de är partitionerade och formaterade? Var är helt en smaksak, men val som /media/A, /media/B och /media/C eller i /mnt/A-C eller i /home/A-C borde vara någorlunda normala. Gör detta i /etc/fstab, så att det görs automatiskt när servern startar.
Ta sedan en tjänst i taget och ordna med den.
För FTP så installerar du förslagsvis vsftpd. Skapa tre system-grupper och tre system-konton för A, B och C, med de lösenord de vill ha, och sätt de tre användarnas primära grupp till respektive grupp du precis skapat. Sätt sökvägen till deras hårddisk som hem-mapp. Och du bör sedan lägga till admin-kontot till de tre grupperna.
Tänk sedan på rättigheterna för de tre hårddiskarnas mappar. Via chown och chgrp sätter du så att de ägs av rätt användare och rätt grupp. Och via chmod sätter du förslagsvis 770 på de respektive mapparna.
I vsftpd aktiverar du lokala användare och chroot (låser användare till att enbart komma åt sin hem-mapp). Aktivera förslagsvis även chroot i openssh, då systemkonton även får åtkomst via SSH, och att de då den vägen kan komma åt andra användares filer.
(Tänk på att FTP inte är krypterat, och bör inte köras över internet för filer du inte vill att alla ska kunna komma åt. Överväg SFTP istället om ni vill hantera privata filer över internet)
För owncloud installerar du det enligt guide, med apache och mysql/mariadb eller postgresql. Sedan i owncloud så sätter du upp tre användarkonton, och så lägger du till tre "External Storage" av typen Local, där du anger sökvägen till respective användares hårddisk. Och sedan lägger du till så att rätt användare får åtkomst till rätt mapp.
Lägg sedan till system-kontot www-data i de tre grupp-kontona, så att apache får rättigheter att komma åt de tre hårddiskarna.
För var sin www-mapp, vill varje användare ha sin eller sina privata hemsidor som ska drivas av apache?
Du kan sätta upp flera virtuella servrar i apache, vars webroot är respektive www-mapp (som du förslagsvis lägger på respektive hårddisk). På så sätt får ni antingen var sin port, eller så kan ni skaffa var sin domän eller subdomän (finns gratis), och låsa apache till rätt www-mapp till rätt domän/subdomän, så att ni kan köra på standardportar.
Eller tänkte du driva tre separata instanser av owncloud?
Försök att googla efter en guide för respektive tjänst du letar efter. Exempelvis owncloud går att pilla ganska mycket på för att optimera prestanda och tillåta uppladdning av större filer och så, så du bör hitta en detaljerad bra guide och följa den. Och om du kör fast någon stans så är forum eller IRC-kanaler bra. Är det ett problem specifikt med en tjänst så se om inte den tjänsten har ett support-forum eller en egen support-IRC-kanal som du kan fråga om hjälp I. Annars finns Swec eller andra generella Linux-forum där du kan få hjälp.
För Webmin mot SSH/terminal, så lär dig arbeta i alla fall delvis via SSH. Webmin fungerar bra för det mesta, men vissa saker kan den inte hantera eller är klumpig på att hantera. Och arbeta så lite som möjligt via tangentbord och mus direkt på servern. I längden kommer du enbart att fjärrstyra den.
Och tänk igenom backup ordentligt, och överväg att säg köpa en till disk och köra raid5 eller liknande för redundans. Och om det är känsliga filer som servern hanterar så överväg kryptering av filsystemet på de tre hårddiskarna, så att om någon själ den så går det inte att få ut all data, men att servern ändå kan starta normalt och tillåta fjärrstyrning.
Och förvänta dig inte att det ska gå snabbt och enkelt att sätta dig in i att driva din egen server på ett bra sätt om du inte har någon erfarenhet sedan innan. Du kommer behöva lägga lite tid och energi på det. Men du kan ta en tjänst i taget, och börja använda servern med enbart FTP eller SFTP först, och sedan ta owncloud efter ett tag, och sedan ta övriga tjänster en i taget. Så du måste inte ta allt på en gång.