Om jag ska göra en lite halvdan liknelse som jag tror ändå förmedlar själva skillnaden sett till "vad man kan göra":
* Proxmox är ett "förtryckt formulär" för att bygga virtualiseringskluster (stöder både VMs och LXC-containers visserligen)
* Ubuntu är ett "vitt papper" som du själv kan göra lite vad du själv vill med
Eftersom du kan göra vad som helst i Ubuntu så är det ju inte så att det inte går att göra samma saker som i Proxmox, men det är inte förberett och uppstyrt på samma sätt. Värdet i Proxmox är att alltihopa är ganska trevligt paketerat och allt är förberett för att sätta upp en virtualiseringsmiljö, inte att det egentligen har någon fullständigt unik funktionalitet som inte går att köra själv på någon "vanlig" Linuxburk.
På motsvarande vis så kan (men bör inte, imo) du för den delen även göra i princip vad som helst i Proxmox, du kan så att säga "skriva utanför fälten i formuläret" (som en fullständig vilde), det är ju i grund och botten en specialanpassad Debian-miljö och du *kan* installera lite vad som helst direkt på moderskeppet.
Sett till vad du bör välja så blir ju frågan vad du själv faktiskt mest vill åt; om du redan kör Proxmox och är nöjd med vad det erbjuder så kan jag ju tänka mig att det är vettigt att bygga ett litet kluster. Om du däremot tycker att Proxmox är ivägen mer än det hjälper för det du faktiskt vill göra så kanske du ska byta.
Sett till var du kan köra docker i Proxmox så är väl svaret:
* I en VM
* I en LXC-container (har en potentiell fördel om man vill komma åt moderskeppets filsystem, det går ju att mappa in om man så vill)
* På moderskeppet (men folk kommer att titta konstigt på dig, se ovan)