Det beror helt på vad du ska virtualisera för operativsystem. Om man bortser från kostnaden för de olika lösningarna så är VMware ESX ett väldigt bra "all-round" virtualisering. Du har skaplig prestanda med de flesta guest-os, det är relativt enkelt att få att snörra och du har helt klart de bästa lösningarna för administration utan att behöva installera några tillägg.
VMware var tidigare lite halvkrångligt att köra på vanlig konsumt hårdvara främst på grund av bristen på stöd för olika typer av storage men från och med version 3.5 stöds en hel del sata-kontrollrar.
Jag kör 8 virtuella maskiner på en ESX 3.5 server och en Supermicro PDSML-LN1 server, den kostade mig drygt 5000 kr och är väll bland det billigaste man kan sätta i ett rack och den har fungerat kalas med ESX sedan version 3.5 släpptes för drygt ½ år sen. Endast 2-3 omstarter för olika säkerhetsfixar.
Är det mestadels Linux-maskiner du ska virtualisera tycker jag helt klart du ska ta en titt på virt-manager och Xen/kvm. Eftersom du då kan använda paravirtualization där du skippar en stor del av själva hårdvaruemuleringen. Även om det är möjligt att även använda en högre grad av hårdvaruemulering så du tex. kan installera windows kommer du förmodligen få bättre prestanda med VMware.
Xen är oftast relativt enkelt att få igång, tillsammans med virt-manager har du hyffsade verktyg för administration. I vissa distributioner kan man behöva installera en sepparat kärna med Xen-stöd.
Hyper som finns i Windows 2008 har jag ännu ingen erfarenhet av så jag låter bli att uttala mig om den.