Hur bör jag konfigurera.

Då du kör Vista kommer GPUfoldingen inte att kräva så mycket prestanda av CPUn. Du kan därför köra SMPfolding på mer än bara två kärnor och på så vis öka PPD ytterligare. Jag brukar ha två skärmar inkopplade vid start av Vista och sedan plocka ur den ena när systemet startat. Det finns som sagt möjlighet att göra en dummy-plugg också om man inte har fler än en skärm.
Du behöver nog också avaktivera SLI om du ska köra folding på båda grafikkorten. Överklockning av 8800GT borde gå till åtminstone 1750 MHz shaderfrekvens. Ännu högre om temperaturerna är OK, eller om du kör vattenkylning.