Du kan fixa det rätt lätt om du har XGL/AIGLX och Compiz/Beryl installerat. Finns många guider om det, bara att söka så hittar du nog rätt lätt för din dist.
Om du menar panelerna så gör du såhär: Högerklicka på panelen, välj Properties. I dialogrutan som dyker upp klickar du på fliken "Background", välj "Solid Colour" och välj "Style" -> Transparent.
