OpenMediaVault kan ha en del begränsningar när det gäller lagringen och vilket filsystem man använder, t.ex finns det en praktisk begränsning att köra större filssystem än 16TB om man använder EXT4.
Prestandamässigt när det gäller filöverföring bör det inte vara någon större skillnad, har kört både OMV, Freenas 8.x och OpenIndiana.
Om du ska köra något system som använder ZFS filsystem (ex FreeNAS, FreeBSD, OpenIndiana med Napp-it), så bör du ha ett system där du kan stoppa in mycket minne.
Edit: Alternativt moderkort, AMD-baserat, med fler SATA-portar, och lite lägre pris (t.ex 684 kr på Misco med Sweclockers rabatt) http://www.prisjakt.nu/produkt.php?p=1279057