Jag har använt Unlocker ett antal år, det är lite hit-miss över det hela. De få gånger jag får ett problem i kategorin "x kan inte tas bort pga det används av y program" och liknande så har jag dödat allt Unlocker funnit relevant. Inte haft några problem.
Du säger att du vill formatera disken, finns det något på den just nu?
Appropå dual-boot, när du installerade Windows på den nya hårddisken, satt den gamla hårddisken kvar i datorn då?
Isf ligger det antagligen Windows-/bootfiler på den hårddisken också, vilket skulle kunna förklara felet du får. Så vitt jag vet krävs en ominstallation med ENBART den tänkta systemdisken ikopplad.