Först magnetkort är inte vidare säkert då de är så lätta att kopiera.
Sedan kan man göra skyddet på två helt olika sätt, ena för att starta datorn och andra för att logga in/decryptera hårddiskar. Det finns garanterat färdig utrustning för just inloggning/decryptering. Att göra sådan mjukvara själv går, men det kräver en hel del kunskap om det aktuella operativsystemet som man skall köra.
Nå start av dator går att lösa på flera sätt, ena är att köpa den du har länkat till och koppla den mot en mikrodator som sedan startar persondatorn genom den vanliga startkontakten. (såklart endast med rätt magnetkort) En fullt fungerande lösning, dock är säkerheten nästan obefintlig. Då det är bara att kortsluta de kontakterna själv. Visst man kan ha kortläsaren utanför chassiet (som är låst) och mikrodatorn innanför, vilket gör att de måste dyrka/använda våld för att kunna starta datorn. (om wake on lan, usb, tagentbord etc. är avstängd)
En annan metod är om biosen har en funktion, vissa moderkort verkar ha wake on usb enligt vissa när man googlar, vad är det för funktion? Om den finns så misstänker jag datorn startar genom kommunikation på usbporten, men hur säkert är då detta för ditt problem? Det kvittar vilket kort man drar och kanske startar datorn genom att man bara kopplar in en ny mus till usbporten? Nä ingen bra lösning.
En tredje lösning är att biosen har stöd för just den aktuella kortläsaren, lycka till att hitta ett sådant moderkort eller själv hacka firmwaren. Det kanske finns källkod för någon bios? Nå ändå skitsvårt.
Nå om man ändå fixar detta så hindrar det ingen att köra hårddiskarna på en annan dator, så för hög säkerhet så behöver man ha dubbla inloggningar.
Visst skulle det gå göra en automatiserad lösning som sparar första kortdragningen till decrypteringen av hårddisken också. Så det ser ut som att man bara loggar in en gång. Hög säkerhet går att fixa genom att minnesmodulen skriver över lösenordet, fast hur vet man att magnetkortläsaren tömmer sin kortdata?
Så jag tycker det är en rolig ide, men att göra den i praktiken blir kostsamt. Visst gör man en egen inloggning via kortläsare till windows/linux etc så är det förbaskat lärorikt, men det är något som de bättre programmerare kan försöka ge sig på. Själva programmet är inte så komplicerad, men få den att fungera som ett hinder vid decryptering kan vara krånligare.
*edit*
Fast krypteringsprogrammet truecrypt är ju opensource och man kan bygga om den.. Alltså inte lika svårt, men som sagt det är något för de bättre programmerarna. Gör man detta ihop med "mikrodatorstart" så har man fått det precis som du ville med hög säkerhet. (såvida man ser till att kortläsaren tömmer sin data)
Så ditt problem går att lösa, men det krävs en hel del arbete. Och så sitter man där med magnetkort-start och inloggning som inte ens är säkert, p.g.a. korten är så lätta att kopiera. Det ska vara ett sådant där chip på korten, men då blir chipläsaren/programmeraren mycket dyrare.
Visst så går systemet att knäcka genom att avlyssna data, precis som man kan sätta en keylogger på ett vanligt tangentbord och sniffa åt sig lösenord.