PCIe x16 är endast PCIe x2?

Skumt. Det ser inte heller ut som nåt enkelt skrivfel i manualen, eftersom det står samma sak på två olika sätt.

USB-kortet kommer att funka, men möjligen med reducerad överföringskapacitet, beroende på hur det är konfigurerat i övrigt. PCIe 3.0 x2 klarar ändå närmare 2 GB/s överföring, så det är inte nåt tokbegränsat i så fall. Jag har ett extra grafikkort som renderingskort i en x4-plats, och även om det kanske inte funkar för spel (inte avsikten) så är det ingen skillnad i beräkningar.

Den andra 16x slotten är bara 2x lanes för att den är kopplat mot chipsettet vilket bara har 10 lanes att tillgå.
Då det endast finns 10x lanes från chipset så finns det ju inte många kvar efter, övriga PCI-e 1x kontakter, ena M.2 och annat som använder den. Vilket gör att det bara finns 2 lanes kvar för den.

PCI-e fungerar typ så att passar kortet i slotten så fungerar det oavsett bandbredd, lägre hastighet/antal lanes begränsar ju dock maxprestandan som kortet kanske är designar för.

I ditt fall så dock så kommer du ju bara få halva bandbredden i porten till korten (ändå 20 Gbit/s), vilket kan begränsa kapaciteten i uttagen.