Win7 SSD SATA 3 fungerar ej men Sata 2 går bra

Som rubriken lyder...
Var och köpte en ny SSD och plugga in på en av mina sata 3 portar på Gigabyte 1336 UD 5A tror jag kortet heter.
Disken hade stöd för sata3 och även om den inte hade det borde sata3 porten köra som sata2 annars då jag har det så på någon annan disk.

Drog ur den gamla SSDn (som satt på en sata2 plats) och drog igång en installation av windows 7 på nya ssdn och det gick smärtfritt.

Startar om datorn och då säger datorn att OS inte finns. Installerar om Windows igen. Sen går jag in i diskhantering och ser att windows har formaterat en av mina andra diskar och lagt windows där, Bara boot delen som ligger på SSD disken och en annan disk står som systemdiskfiler eller vad det heter... Sitter på en gammal xp just nu så kan inte se exakt vad det står i vanliga fall.

Bytte till en sata2 port och gjorde om installatioen och då är absolut allt som det ska.

Men vågar jag byta till min sata 3 port igen? Någon som vet varför det inte fungerad på sata3? Vill påstå att jag har gjort en annan installation med sata3 utan problem, dock hade jag bara en disk i under installationen då.... Nu vill jag inte gräva i lådan då det är väldigt trångt att komma åt sata kontakterna.
(Medveten om att jag kan behöva ändra boot ordningen om jag flyttar disken)