Vart tar mina filer vägen?

Jag har en lagringsdisk i min retrodator som kör MS-DOS 6.22 som operativsystem. Den är på 6 GB och därför formaterad som tre partitioner på 2 GB styck. Datorn är en 486:a med IDE-kontakt direkt på moderkortet och lagringsdisken är slave till systemdisken.
För nästan 3 år sedan fyllde jag partitionerna med spel, men jag upptäckte med tiden att en del av spelen blev okörbara eftersom filer försvann från hårddisken en efter en. Nu är partitionerna bara fyllda till hälften så svinnet är på nästan 50% med viss reservation för att jag kan ha raderat en del skitspel själv. Jag har nu flyttat hårddisken till min vanliga dator och testat den med HD Tune Pro 5.50 som visar på 0 errors och perfekt hälsa.
Vad är felet som gör att filer försvinner från indexeringen och finns det något annat hårddisktestarprogram än HD Tune Pro som kan upptäcka fler fel? Kan felet sitta i moderkortet eller IDE-kabeln istället för i hårddisken?

Iden kanske inte är helt dum ändå. Något gammalt virus kan ha följt med. Kan moderna antivirus hitta DOS-virus?

Jag kan ha haft kvar ett virus på en backup-cd från den gamla goda tiden som jag sedan kopierat över till hårddisken. Jag ska scanna igenom hårddisken med ett lämpligt virusprogram sedan. Just nu sitter den och analyseras av HDD Regenerator.

EDIT: Jag har ett minne från mitten av 90-talet då privatkopiering via diskett mellan kompisar var socialt accepterat att vi alla drabbades av vad som kallades för "Junkie Boot-viruset". Det kanske är det som kommit tillbaka för att hemsöka mig.

Nej, jag hade så mycket hårddiskutrymme att det inte behövdes. Dessutom kör jag MS-DOS 6.22 där Doublespace var borttaget på grund av någon patenttvist vill jag minnas.

EDIT:
HDD Regenerator har kört klart nu. Det gav två delays men inga skadade sektorer. Hårdvaran måste väl vara intakt då, eller?
En scan med Malwarebytes' gav inte heller några resultat.

Disken var ursprungligen formaterad av fdisk i MS-DOS och har bara använts i MS-DOS med spel och program skapade för MS-DOS, förutom när jag tillfälligt flyttat över den till den vanliga datorn för att snabbt kunna föra över filer.

Nu har jag hittat ett problem som kan ge en ledtråd. När jag försökt radera de gamla partitionerna med lite olika partioneringsverktyg i Windows 8.1 hänger sig partioneringsprogrammet utan att någon partition raderas.
Först genom att starta upp Ubuntu och använda partioneringsprogrammet där kunde jag radera alla partitionerna och göra disken helt blank. Efter att ha återgått till Windows har jag nu formaterat fram tre nya partioner med FAT16 som jag lagt på 1995 MB styck för att ha lite marginal till 2 GB-gränsen. Runt 100 MB i början och slutet av disken fick förbli oallokerat. Nu ska jag kopiera över DOS-spelen igen och stoppa tillbaka hårddisken i retrodatorn så får vi hoppas att det fungerar problemfritt den här gången.

Jag tror jag har hittat felet nu, men jag är inte helt säker på vad som orsakar det eller hur man löser det.

I Windows 8.1 på den vanliga datorn med hjälp av EaseUS Partition Master formaterade jag disken, delade upp den i tre partitioner på 2 GB styck med FAT16 och kopierade in DOS-program och -spel på partitionerna. När jag sedan stoppade in disken i retrodatorn kände den inte igen partitionerna. Då raderade jag partitionerna och formaterade tre nya med hjälp av Fdisk i MS-DOS 6.22. Nu kände retrodatorn av de tre nya partitionerna, men de var tomma.

Sedan flyttade jag över disken till vanliga datorn igen för att kopiera över DOS-filerna på nytt, men den vanliga datorn detekterar inte de nya partitionerna som jag formaterade fram med retrodatorn, utan den detekterar sina tre gamla partitioner som den själv hade skapat. Alla filerna låg dessutom kvar till synes intakta.

Det verkar som om anledningen till att filer försvunnit är att den vanliga datorn och retrodatorn har varsin indexfil och skriver över varandras filer när jag kopierar. Det konstiga är bara att jag tidigare har kunnat se samma partitioner i båda datorerna innan det här problemet uppstod.

Jag ska testa nu att totalwipea hela disken och sedan låta retrodatorn skapa nya partitioner från början. Gör jag en total wipe med EaseUS Partition Manager, kommer då verkligen allt inklusive de gamla FAT-filerna att försvinna?

EDIT: För att mina 100% DOS-tillverkade diskpartitioner ska kännas igen i Windows 8.1 krävs det att man mountar dem och ger dem en enhetsbokstav. Kan det skada disken på något sätt och röra till det när man stoppar tillbaka den i retrodatorn? Det vill säga, är mountning och allokering av en enhetsbokstav något som hårdkodas in i partitionen eller sköter Windows det på sin egen disk och i minnet?

Jag har en annan disk med bara en partition på 500 MB som jag bootar ifrån.

Hårddisken med problem har jag nu formaterat med fdisk i DOS. Jag har gjort en primär partition på 2 GB och en extended på 4 GB som jag delat upp i två logiska på 2 GB styck, det vill säga precis som du skriver. Jag lämnade runt 150 MB opartitionerade for att lämna lite marginal till partitionsgränserna.

Det verkar funka nu och jag stoppade i hårddisken i vanliga datorn för att kopiera över backupen igen. Alla filerna jag kopierade över syns nu hos retrodatorn. Nu är det bara att vänta i 1-2 år och se om problemet upprepar sig.

Ja, det är ju det jag gör när jag flyttar över disken till den vanliga datorn. Alla filer ligger backupade där vanligtvis. Jag skulle inte orka installera om flera Gigabyte med originaldisketterna, om de ens fungerar längre.

Jo, jag vet vad du menade, men innan jag kopierat över filerna är ju disken tom och det finns inte något att backupa med en kloning.