Även om storyn är en aningen komplicerad, som ingen exakt kan säga vad den går ut på så tycker jag ändå att den är riktigt bra, man får sig en rejäl tankeställare och bilda sig en egen teori.
Finns säker många liknande teorier här på forumet, men här kommer min teori om hur början på HL2 kan ha uppkommit...
I HL1 så får man valet i slutet att välja att arbeta för G-man, eller gå ut genom dörren på tåget (om jag minns rätt). Gick man ut genom dörren så hamnade man i ett "rum" full av aliens, sen så slutade det där. Slutsatsen av det = Gordon Freeman blev tillfånga tagen av aliens, eller va fan nu som hände!?
Låt nu säga att G-man är Gordon freeman på äldre dagar, som åker tillbaka i tiden och ger han valet att välja att antingen börja jobba för han eller gå ut genom dörren och hamna hos alla aliens.
Hade inte G-man, som numera är Gordon Freeman, åkt tillbaka i tiden hade G-man inte gett Gordon valet, och han hade gått ut genom dörren, vilket han gjorde första gången, och allt gick åt helvete.
Alltså Gordon Freeman även nu kallad G-man åker tillbaka i tiden för att rätta till sina misstag, och ser till så han inte går ut igenom dörren på tåget i HL1.
Det är lungt i ca 10 år, tills Black Mesa skadorna ges till känna åter igen, denna gången har det drabbat City 17, där en forskare (dr Breen?) drar nytta av den tidigare Black Mesa incidenten och manipulerar fram en arme av soldater som består av hälften människa och hälften utomjording. Denna arme ska då givetvis försöka ta över gjorden, medans dr Breen sprider ut falsk proppaganda om en säkrare plats här på jorden.
G-man manipulerar med tiden igen, och sätter Gordon Freeman på ett tåg med destination City 17 vars syfte är att Gordon ska gå lös där med sin kofot och rensa upp där...
Jaja, som sagt det är endast en teori, allt kanske inte passar ihop perfekt.