Det är nästan garanterat att det inte är kontakt mellan kylaren och processorn. Även om fläkten skulle ha stannat tror jag inte den skulle ligga på 100 C i idle, men det är förstås en bra idé att kolla att den snurrar.
Tänk på att du verkligen bör rengöra CPU+kylare och ha på ny kylpasta sedan, annars kan det bli rätt dåligt resultat även efter.