Huvudproblemet är sannolikt att fläktkontrollern gör att din PWM-fläkt går ner för lågt i varvtal och den slutar snurra. Nästa grej är varningen för för lågt fläktvarvtal som triggas av ett förinställt värde i BIOS. Åtgärd nummer ett är i så fall att ställa upp fläktkontrollern så att fläkten (specad till min. 800 rpm) aldrig går ner så lågt att den slutar snurra.
EDIT: Du behöver förresten inte gå till BIOS ens, det räcker med att installera Fan Expert 3 (det är sannolikt med på skivan du fick till moderkortet) och konfigurera din fläktprofil till lämpliga värden där.