Standard funkar ganska bra för det mesta.
Men annars så beror det på vilken typ av data du skall ha på disken.
Om det är stora filer så kan det vara bra att köra med stora allokeringsenheter eftersom detta kan snabba på överföringarna. nackdelen är att om du sparar ner en liten fil så tar den upp mer plats på disken (det är lite mer komplicerat än så på en NTFS, men på det stora hela så stämmer detta resonemanget både på NTFS och FAT).
Om du inte har någon speciell orsak så rekommenderas standardstorlek. Små allokeringsenheter gör att disken blir uppdelad i väldigt små bitar och varje fil tar inte upp mycket mer än vad den behöver. Nackdelen är att disken blir något långsammare.