Hjälp med att göra en annan hd till bootdisk

Svårt för utomstående att veta vad du gjort, särskilt som du inte ens själv har koll. I bootsekvensen för Windows väljs den disk som angivits i BIOS som första bootdisk, dvs den disk där bootloadern ligger.

Ide'en med RAID1 är att säkra datat vid ev. krasch - har det i ditt fall blivit tvärtom?

Du kan modda bootloadern med:
http://easybcd.en.softonic.com/download

Men bootdisken måste innehålla filer till operativsystemet, det går inte bara att byta disk såvida du inte har installerat på den disken, i bios kan du välja olika diskar främst för att du ska kunna ha olika installtioner och växla mellan dem, men du måste först installera os på den disk du vill använda och sedan bälja den i bios.