Din fråga har tyvärr lite "hur långt är ett snöre?"-karaktär. Det finns miljarder olika systemåterställningsskivor (jag antar du med det menar en skiva som kom med datorn, som inte är en "ren" Windows-installationsskiva från Microsoft?), och det är helt upp till tillverkaren att automatisera vad de vill, i värsta fall också formatering av disken, även om jag inte kan påminna mig om att ha sett det. De har också den dåliga vanan att bundla en massa programvara på dessa återställningsskivor, kanske också något du avser när du undrar om allt kommer bli kvar. Kort sagt går det inte att ge entydiga svar på dina frågor, det är för många parametrar som spelar in.
Vad jag däremot kan säga är att du alltid bör göra en backup på det du vill behålla innan du gör en såpass stor operation. Räkna med att allt försvinner, spara det du inte lättvindigt kan återskapa. Utöver det är det väl klart rekommendabelt att du ser till att formatera om disken/partitionen OS:et ligger på under återställningen, så du får en helt fräsch installation, utan några spår av det gamla, risken är annars att det som tvingade dig att göra systemåterställningen blir kvar.
Ännu bättre är om du kan få tag på en helt ren SLP-installationsskiva från datorns tillverkare och installera från den, så slipper du all onödig mögprogramvara som datortillverkaren lagt in. Även om din dator med all sannolikhet levererades med en Windowslicens, så ligger det i något av en juridisk gråzon att länka dig till en lämplig .iso, så jag gör inte det, men det är tämligen bagatellartat att hitta på diverse fildelningssajter. Plocka hem en .iso med samma Windowsversion som datorn levererades med, och var noga att den är för samma tillverkare.
