Du håller ju på och installerar egen kernel och grejer, Intelpaketet ska installera 3.9.5 eller åtminstone backporta från den versionen du ser att de anmärkt att du ska köra linux-generic och versionen som ingår i 13.04. När jag kollar ser jag att de är backportade för standardkerneln i Ubuntu 13.04. DKMS-modulen är anpassad för den kerneln och ska i princip fungera. Något annat kommer du inte få något officiellt stöd för hur som helst.
Du har inte beskrivit vad det är du gör eller vad du försöker åstadkomma egentligen. Ska du göra det själv måste du ha nyare kernel, nyare xorg, nyare vaapi, nyare libva, nyare mesa, nyare cairo och nyare libdrm med mera. Så då får du titta på t ex tredjeparts PPAs som xorg-edgers (inte lika nytt som Q2-paketet, men mycket nyare än vad som skeppades) om du inte väljer att installera 13.10 helt enkelt. Det är för att du inte refererar till något själv du får sådana spretande svar och frågor.
Det du gjort i GRUB är ju att stänga av Intelgrafikens drivrutiner och detta är bara att rekommendera om du ska köra i VESA-läge med Xorgs generic VESA-drivare. Då är det klart att du inte får igång hårdvaruacceleration eller något. Utgå ifrån de resurser som finns så kanske folk kan hjälpa dig.