Angående din container, det är ju den som styr så du får samma bakgrundsfärg mm även om kolumnerna växer i olika takt, och tanken är som sagt att man har den runt hela innehållet.
ex: Här är din kod som den är nu: http://www.riskaka.com/test/kolumner1.html
Om du lägger till overflow: hidden; i #container och tar bort </div> efter din header så ser det ut såhär, vilket jag antar att det är det du är ute efter (<div id="container"> avslutas ändå längre ner i koden:
ex: http://www.riskaka.com/test/kolumner.html