Man skulle kunna se OS X som "standard *nix dist" med en egen variant av skrivbordsmiljön.
När det kommer till att jobba i terminalen, så är det, som nämnts, bash som gäller i båda fallen.
Gällande filsystemet sett från roten, så finns det skillnader, men också väldigt många likheter. Har man en övergripande förstående över hur ett *nix filsystem ser ut, så är det inga problem att navigera runt i systemet. Men i OS X fall är det oerhört sällan man behöver rota på filsystemsnivå ... om ens alls.
När det kommer till att anpassa den grafiska miljön, är OS X inte alls lika smidig som en valfri standard Linux-distribution. Visst finns det möjligheter, men OS X är designad som ett "arbets-OS" där fokus ligger på programmen och upplevelsen i dessa. Linux, X.org och de flesta grafiska miljöerna har mer fokus på inställningsmöjligheter och valmöjligheter kring och utanför "arbets-programmen".
Det finns trots allt anledningar till varför OS X anses vara ett "professionellt OS" och Linux anses vara ett "Hobby-OS". (Fast gränserna mellan dessa två begrepp blir allt suddigare när många av de fria grafiska miljöerna från Linux mognar till och blir allt starkare alternativ.
Kort och gott så tror jag att OS X är till för dem som hellre satsar på att bara komma igång att jobba utan att beöva ställa in en massa jox man inte begriper.
Likaså är de flesta Linux distributionerna till för dem som hellre finslipar och trimmar in sin arbetsmiljö för att passa ens eget arbetsflöde på det mest optimala sättet.