Ja, det bör inte vara några problem. Var försiktig när du ska partitionera bara så att du inte råkar modifiera någon annan disk samtidigt. Hade det varit Windows du skulle installera så hade jag gett rådet att koppla bort övriga diskar eller avaktivera dem i BIOS om det är möjligt, men med Ubuntu har man bättre kontroll på vad som händer så om du har koll på vad du gör så är det inte nödvändigt.