Det är ju en guide över rekommenderade anslutningar, problemet är väl dock att om du hamnar i en garanti situation så är risken stor att de nekar på grund av att du inte följde den.
Det kommer med mycket stor sannolikhet att gå att göra som du tänker, då både kablar och kontakterna på nätaggregatet utan problem klarar dubbla effekten, och det är ju även så vissa tillverkare säger att man skall göra.
Förresten är det ju riktigt idiotiskt av Cooler Master att ens skicka med PCI-e kablar med dubbla kontakter då de inte rekommenderar att använda båda. Hade varit mycket bättre ifall de skickade med 3 stycken med en kontakt i varje ända istället från början...