Molekylärdynamik (MD) (som används i folding@home) är en väldigt förenklad beräkning, vilket gör att beräkningarna kan bli klara på ett relativt kort tidsintervall (dagar/veckor) på en "vanlig" dator. Byter du ut de "Newtonian mechanics" som används i MD mot avancerad kvantmekanik ökar komplexiteten ngt enormt, och vi snackar (i vissa fall rentav hundratals eller mer) år för att utföra beräkningarna för samma molekyl och tidsintervall. I de fallen behöver processen spridas över fler CPUer (kärnor) för att kunna utföras inom ett acceptabelt tidsintervall. Att skicka informationen till flera datorer gör att datasynkningen, som måste utföras rätt ofta (i många fall _många_ ggr per sekund), görs via nätet, med alla förseningar pga "ping" mm som tillhör. I en superdator där noderna är ihopkopplade med infiniband eller motsvarande är synkningen _mycket_ snabbare, vilket gör att beräkningarna kan skyndas på rejält.
Så för att försöka sammanfatta: i folding@home håller man på med relativt enkla beräkningar, men i gengäld på väldigt många olika oberoende system. Eftersom systemen är oberoende kan man med fördel skicka dem till många olika personer utan att få problem. Men i de fall där beräkningarna är mer avancerade och man måste använda flera CPUer för att få dem klara i acceptabel tid är superdatorerna överlägsna.
Och för att avsluta med ett försök till direkt svar på din fråga: om man håller på med riktigt stora system (många atomer, inte nödvändigtvis stora molekyler) kan man få problem med "@home"-approachen, men betydligt vanligare är att man helt enkelt har mer avancerade beräkningar.
Det lär finnas fler, om inte annat borde det finnas en del undervisning på IFM som använder åtminstone kappa.