Permalänk
Medlem

Långsam folding i Ubuntu

Hejsan Alla,

har foldat ett tag och bara använt windows datorer. Nu har jag bytt operativ till ubuntu, men jag får mycket lite ppd.

När jag kollar aktiviteten på cpu:erna så ligger den inte alltid på 100% fläktarna varvar inte upp lika mycket som när jag foldar under windows (Med andra ord kan dom ju inte jobba lika hårt.

har startat foldingen med
./fah6 -smp -advmethods
fått tag i en a2_core.
och får 550ppd förr låg jag på minst 1000-1100.

core 2duo 2,13 GHz.

Någon som har något tips till mig?
En bit av min log som kan ha med detta att göra?
________________________________________________________________________
Reading file work/wudata_03.tpr, VERSION 3.3.99_development_20070618 (single precision)
Note: tpx file_version 48, software version 58

NOTE: The tpr file used for this simulation is in an old format, for less memory usage and possibly more performance create a new tpr file with an up to date version of grompp

Making 1D domain decomposition 1 x 1 x 4
_____________________________________________________________________________

Visa signatur

Nyfikenhet = Kunskapens Fader
Repetition = Kunskapen Moder

Permalänk
Medlem

Utan att vara den Guru som El Mero är så tror jag att det kanske har att göra med att du har -advmethods

"Set -advmethods flag always, requesting new advanced scientific cores and/or work units if available (no/yes) [no]?
no -> Resulterade för i tiden oftast i att man fick p2653 vilket var är en mycket trevlig WU för hög PPD.

yes -> Resulterar i dagsläget i att man får man de senaste beta WUs som i de flesta fall sänker PPDn. " -från Guiden för SMP på forumet.

Brukar man inte sätta -verbosity 9 istället?
"För 6.22 MPICH-versionen ska du skriva in -smp -verbosity 9
I mitt exempel: "C:\Program\Folding@Home_SMP_1\Folding@home-Win32-x86.exe" -smp -verbosity 9" - ibid

EDIT: Provat att slänga wudata_08.tpr filen?

Permalänk
Medlem

JuCke, så var det för mig också om jag körde ubuntu 8.10. Har hört flera som haft det problemet. Testa en annan ubuntu-version eller nån annan linux-dist kanske. Vet iofs inte vilken som ger mest PPD riktigt men jag tror det kan variera med olika distar/versioner. Annars finns ju NotFred's folding-dist.

Visa signatur

AMD Ryzen 5 3600 | 4x8GiB 18-20-16-36-52-2T DDR4-3400 | MSI B450-A Pro Max AGESA 1.2.0.7 | Sapphire RX 480 Nitro+ OC 8GiB | Crucial MX500 500GB | PNY CS900 2TB | Samsung 850 EVO 500GB | Samsung PM961 512GB | Scythe Kamariki 4 450W

Permalänk
Medlem

Tack för svaren, jag får prova lite till, annars ger jag upp på denna datorn och fortsätter som vanligt på mina andra datorer. som det är nu så hinner jag inte ens med tidsgränserna för mina projekt.

Visa signatur

Nyfikenhet = Kunskapens Fader
Repetition = Kunskapen Moder

Permalänk
Medlem
Citat:

Ursprungligen inskrivet av m3tr0
Vet iofs inte vilken som ger mest PPD riktigt men jag tror det kan variera med olika distar/versioner.

För SMP mellan 8.04 och 8.10 så vinner iaf 8.04.

Citat:

Ursprungligen inskrivet av JuCke
Tack för svaren, jag får prova lite till, annars ger jag upp på denna datorn och fortsätter som vanligt på mina andra datorer. som det är nu så hinner jag inte ens med tidsgränserna för mina projekt.

Vilket projekt är det? FahMon kan nämligen bli lite konfys av projekt med 250 001 steps (om man jämför med projekt som har 250 000 steps) eftersom de kan skapa lite oröra i unitinfo.txt och därför förorsakar FahMon att visa fel PPD.

En annan tanke kan vara att FahMon är inställd på att beräkna PPDn effektivt alternativt på alla frames (förutsatt att du inte foldar hela tiden).

Den biten av loggen du visade är mest en kosmetisk grej som kommer i hand med de nyaste A2-kärnan, version 204.

Permalänk
Medlem
Citat:

Ursprungligen inskrivet av él Mero
För SMP mellan 8.04 och 8.10 så vinner iaf 8.04.

Vilket projekt är det? FahMon kan nämligen bli lite konfys av projekt med 250 001 steps (om man jämför med projekt som har 250 000 steps) eftersom de kan skapa lite oröra i unitinfo.txt och därför förorsakar FahMon att visa fel PPD.

En annan tanke kan vara att FahMon är inställd på att beräkna PPDn effektivt alternativt på alla frames (förutsatt att du inte foldar hela tiden).

Den biten av loggen du visade är mest en kosmetisk grej som kommer i hand med de nyaste A2-kärnan, version 204.

Projekt numret är 2675 (R3, C275, G42)

får radera work foldern och så idag eftersom jag inte kommer att hinna föredragen tidsgräns tror jag.

Visa signatur

Nyfikenhet = Kunskapens Fader
Repetition = Kunskapen Moder

Permalänk
Medlem

Hej igen alla har fortfarande samma problem,

det går så långsamt att folda på denna datorn att jag inte hinner med tidsgränserna för projekten (står konstant och foldar.)

Någon om har en lösning till mig? eller fler bra tips?

Visa signatur

Nyfikenhet = Kunskapens Fader
Repetition = Kunskapen Moder

Permalänk
Medlem

Vilken version av Ubuntu använder du?

Jag körde med 8.10, bytte ner mig till 8.04 och nu har jag ungefär 90-97 % CPU per kärna, alltså en kraftig ökning från 8.10's ungefär 55-65% ..

9.04 kommer bli skön att folda med igen, men jag kunde inte installera nvidia drivrutiner, och då inte heller få cuda att installera, allt avbröts efter verifieringen med ett "no permission", trots sudo..
Men smp-foldingen funkar mig veterligen lika bra som i 8.04. Måtte det bli 23e april snart..

Visa signatur

WS: Asus P8Z77-I Deluxe mITX | Intel 3770K@4.6 | NH-U12P | Asus 780 GTX | Corsair 2x8GB 1600Mhz CL9 | Samsung 840 512GB | Ubuntu 16.04.3 x86_64 | Corsair AX750 | 2x Dell U2412M | Puppe.se | NAS: i7 860, 16GB DDR3, GA-P55M-UD4, FD Define R3, 8x2TB Samsung F4EG, Serveraid M1015, EVGA 750W G2 PSU, FreeBSD x64

Permalänk
Medlem

Ubuntu 8.10 64bit

Då kanske det är så enkelt att jag måste byta ner mig. jag som precis börjat komma igång med linux kört det som native i någon månad nu.

Visa signatur

Nyfikenhet = Kunskapens Fader
Repetition = Kunskapen Moder

Permalänk
Medlem

Eller så använder du virtualbox, kör en väldigt slimmad ubuntu server 8.04 installation och kör smp folding på den.. så kan du behålla din 8.10 install.. ?

Det bör funka, det är åtminstone värt ett försök.. om du inte vill "börja om"
Ev. gpu folding kan du köra i din 8.10 installation ändå.

Visa signatur

WS: Asus P8Z77-I Deluxe mITX | Intel 3770K@4.6 | NH-U12P | Asus 780 GTX | Corsair 2x8GB 1600Mhz CL9 | Samsung 840 512GB | Ubuntu 16.04.3 x86_64 | Corsair AX750 | 2x Dell U2412M | Puppe.se | NAS: i7 860, 16GB DDR3, GA-P55M-UD4, FD Define R3, 8x2TB Samsung F4EG, Serveraid M1015, EVGA 750W G2 PSU, FreeBSD x64

Permalänk
Medlem

Tjenare tack för tipset ska prova, GPU foldingen kan jag inte köra på denna datorn eftersom jag bara har 7900GTX.
Men detta är min WS (laptop) så jag är inte så sugen på att installera om så jag ska se om det fungerar bra, Notfreds diskless borde jag ju också kunna köra i virtualbox då kanske? För den stöder väl smp?

Visa signatur

Nyfikenhet = Kunskapens Fader
Repetition = Kunskapen Moder

Permalänk
Medlem

Det tror jag ska fungera bra också, ja.

Visa signatur

WS: Asus P8Z77-I Deluxe mITX | Intel 3770K@4.6 | NH-U12P | Asus 780 GTX | Corsair 2x8GB 1600Mhz CL9 | Samsung 840 512GB | Ubuntu 16.04.3 x86_64 | Corsair AX750 | 2x Dell U2412M | Puppe.se | NAS: i7 860, 16GB DDR3, GA-P55M-UD4, FD Define R3, 8x2TB Samsung F4EG, Serveraid M1015, EVGA 750W G2 PSU, FreeBSD x64

Permalänk
Medlem

Ledsen att jag bumpar denna tråden, men för allas info måste jag säga att ubuntu 9.04 verkar folda ganska bra, har en laptop c2d 2,13 ghz och den ger 1750ppd. Har visserligen bara kört 2 wu's men det bådar gott.

Edit: fått nästa wu nu och är nere på 950 igen konstigt.

Visa signatur

Nyfikenhet = Kunskapens Fader
Repetition = Kunskapen Moder

Permalänk
Inaktiv

Mina erfarenheter av folding i Ubuntu 9.04 64bits är väldigt positiva. GPU-foldingen ger samma PPD (5000-7000PPD beroende på projekt) medans SMP-foldingen ökade med sjuka 170% i Ubuntu. Får ut ca 1600PPD i windows medans Ubuntu ger mig 4300PPD ca. Samma inställningar på allt dessutom.

GPU: GTX 260 med 216SP's.
CPU: Q6600 @ 3,2GHz (8x400FSB)

JuCke: 1750PPD för din laptop vid den klockningen var riktigt bra, var det ett projekt som var värt 1920 poäng?

Permalänk
Medlem
Citat:

Ursprungligen inskrivet av anders.149
Mina erfarenheter av folding i Ubuntu 9.04 64bits är väldigt positiva. GPU-foldingen ger samma PPD (5000-7000PPD beroende på projekt) medans SMP-foldingen ökade med sjuka 170% i Ubuntu. Får ut ca 1600PPD i windows medans Ubuntu ger mig 4300PPD ca. Samma inställningar på allt dessutom.

GPU: GTX 260 med 216SP's.
CPU: Q6600 @ 3,2GHz (8x400FSB)

JuCke: 1750PPD för din laptop vid den klockningen var riktigt bra, var det ett projekt som var värt 1920 poäng?

Japp det stämmer, och jag måste (tyvärr) ändra mig igen, foldingen är uppe på över 1700 ppd igen, det jag har märkt är bara att foldingen är känsligare för om jag använder datorn eller inte, rör jag inte datorn så får jag extremt bra resultat än sålänge.

Fler som har samma erfarenhet?

__________________
WS: NSK 3400, G33m-DS2R, Q6600, 8GB, GTX 260 Extreme+, 750GB, 2st Viewsonic VX2025wm

Visa signatur

Nyfikenhet = Kunskapens Fader
Repetition = Kunskapen Moder

Permalänk
Inaktiv
Citat:

Ursprungligen inskrivet av JuCke
Japp det stämmer, och jag måste (tyvärr) ändra mig igen, foldingen är uppe på över 1700 ppd igen, det jag har märkt är bara att foldingen är känsligare för om jag använder datorn eller inte, rör jag inte datorn så får jag extremt bra resultat än sålänge.

Fler som har samma erfarenhet?

__________________
WS: NSK 3400, G33m-DS2R, Q6600, 8GB, GTX 260 Extreme+, 750GB, 2st Viewsonic VX2025wm

Klart det blir så, alla resurser som är lediga används ju för foldandet, men drar du exempelvis igång ett spel så går ju resurserna till spelet först och foldningen får det som blir över.

Allt är som det ska vara.

Permalänk
Medlem
Citat:

Ursprungligen inskrivet av anders.149
Klart det blir så, alla resurser som är lediga används ju för foldandet, men drar du exempelvis igång ett spel så går ju resurserna till spelet först och foldningen får det som blir över.

Allt är som det ska vara.

Jag menar vid vanligt surfande när jag körde windows förr så tyckte jag inte att det var så känsligt,
men som sagt nu ligger jag på mellan 14-1800ppd på bara denna datorn, beroende på om jag använder den eller inte.

Visa signatur

Nyfikenhet = Kunskapens Fader
Repetition = Kunskapen Moder

Permalänk
Inaktiv
Citat:

Ursprungligen inskrivet av JuCke
Jag menar vid vanligt surfande när jag körde windows förr så tyckte jag inte att det var så känsligt,
men som sagt nu ligger jag på mellan 14-1800ppd på bara denna datorn, beroende på om jag använder den eller inte.

Det är som det ska vara.

Öppnar jag Firefox så sjunker mina ca 4300PPD till 3100PPD, all flash och annan skit äter mycket resurser..