Moderkortets styrkretsar kan givetvis påverka mycket. Jag vet av tidigare erfarenhet att en del av nvidias gamla moderkortskretsar och drivrutiner inte fungerade speciellt väl med AHCI, och det var redan på den vanliga hårddisktiden.
Dina portar kanske går via gamla pci som enbart klarar max 133MB/s, det ser ju nästan ut så. Då kan du aldrig få mer vad du än gör eftersom det är en begränsning i hårdvaran. Om det nu är så illa med ditt moderkort.