när du startar installationen för windows 8 så får du välja vart du ska intallera win och om du vill skapa partition (dela upp HD) samt om du vill formatera. Där väljer du SSD och installerar.
sen förstår jag vad du menar att du har windows på den andra HD också , det kan du ifs ha kvar som backup OS om din SSD skulle paja. men annars kan du bara ta bort filerna manuellt om du inte vill formatera den.