Det är enkelt: Lägg ditt plugin/mod (jar-filen och ev. andra filer) i mappen kallad "plugins" som ligger i samma mapp som servern. Starta om servern så kommer den hitta pluginet och skapa inställningsfilerna mm. När du ställt in allt startar du om servern igen så ska allt fungera
Fler Plugins kan man ladda ner här: http://plugins.bukkit.org/
Officiella guiden: http://wiki.bukkit.org/Installing_Plugins
/Gabriel