Ändringsdatum skiljer med två sekunder mellan enheter?

Jag har ett Sandisk Cruzer Micro 512 MB USB-minne som jag använder till backup på dokument m.m. Jag använder ett program som heter Comparator (freeware, kolla http://softbytelabs.com) för att jämföra innehållet i olika mappar och föra över det som är nyare/saknas från den ena mappen på hårddisken till motsvarande mapp på minnet.

Problemet är att jag har upptäckt att vissa filer (21 av 34 filer i roten på aktuell katalog, har inte kollat andelen i underkatalogerna) får ett något avvikande ändringsdatum när de kopieras till USB-minnet. Det är exakt två (2) sekunder som skiljer. Detta innebär att programmet tycker att dessa filer är nyare och markerar det som lämpligt att uppdatera motsvarande filer på hårddisken, så det blir lite jobbigt att kolla manuellt vilka filer som verkligen är nyare och inte.

Har det något med skillnaden i filsystem att göra? Det är FAT(16 antar jag) på USB-minnet och NTFS på hårddisken.