Det går troligen att reda ut, men jag skulle starkt rekommendera att du tar kontakt med en bra konsultfirma som håller sig med välutbildat/certifierat folk så jobbet går ”enligt boken” så långt som möjligt.
I ditt ställe skulle jag försöka få en av AD-servrarna att fungera hjälpligt, sen sätta upp ett modernt AD-server-par bredvid denna och migrera all funktionalitet till det, varpå de gamla servrarna kan degraderas från AD-rollen och deras övriga funktionalitet (fildelning, etc) migreras till nya servrar.
Finns resurserna och grundförutsättningarna är täckta skulle jag kika på att använda Microsofts egen Storage Migration Service för filområden.
Slutligen: Ta regelbundna maskinbackuper under hela denna process, eftersom saker nästan garanterat kommer gå snett på vägen om ditt utgångsläge är så här dåligt.