Mandus verksamhet har gått i konkurs. Han fruktar för sin familjs framtid och tvingas vidta desperata åtgärder. Han har hört talas om ting från de gamla templen byggda av Maya/Aztek/Olmec - indianerna i centralamerika (Mexiko). Han beger sig dit och finner då en orb, ett hjärta från en utdöd gudomlighet, begravd i ett tempel vilket han tar med sig.
I början av spelet omnämns Jaguaren, eller mannen med jaguaransiktet. På bland annat wikipedia kan man läsa om hur en gud som avbildas som en jaguar förekom bland flertalet indianstammar i centralamerika. Mayaindianerna är kända för sina profetior, hur de förutsett att världen ska ta slut. Den utdöda gudomen har sett detta och vill påskynda apokalypsen, utrota alla människor då majoriteten av mänskligheten är ond. Människan är girig, våldsam, hänsynslös och uppdelad i samhällsklasser med alltför stort gap i mellan. Gudomen (känd som "Ingenjören") bygger den enorma maskinen åt Mandus och övertalar honom att dem tillsammans kan få stopp på ondskan, med ondska. Maskinens storlek ger upphov till enorma produktioner av mat, vilket i ett då fattigt London sätter de godtrogna på verksamhetens sida. Mandus "anställer" föräldralösa barn och andra människor för att hjälpa till i världens absolut största fabrik.
Uppfinnigsrika som protagonisterna/antagonister är, uppfinner de "Compound X", en kemikalie som låter döda organismer återupplivas. Rester av slaktade grisar och rester av människooffer kombineras. På detta vis både producerar maskinen kött åt allmänheten, ger dem föda, för att sedan ge "föda" åt maskinen och dess huvudsakliga syfte: Att producera den största armén världen skådat samtidigt som antalet riktiga människor minskar i processen. Hela mänskligheten skall slaktas på ett eller annat vis. Vid olika tillfällen omnämns flertalet geniala självhållningar (automation) som t. ex metangaser från grisar som driver motorer, men den huvudsakliga självhållningen är själva slakten.
När Mandus mot slutet inser att han varit grund till fruktansvärda, hänsynslösa dåd, bestämmer han sig för att sabotera maskinen igen, men denna gång en gång för alla. Mandus har också insett att han offrat sina egna barn Edwin och Enoch i processen, i tron att världen ändå skulle gå åt helvete senare, på ett mycket brutalare vis och bespara dem från detta. (Refersenser till bland annat andra världskriget nämns mot slutet).
En sak att tänka på som jag tror många inte förstått är grejen med att man ett par timmat före spelet slutar, får se ett samhälle med grisar. Poängen här är (tror jag) att man ska se att även monsterna, styggelserna, hybriderna av döda människor och grisar beter sig mycket likt den friska människan. De större trampar på de små (man ser en stor gris smälla till en mindre utan anledning). Vissa frossar, andra sitter inlåsta, några leker med leksaker.
När Mandus i slutet förgör maskinen genom att förstöra hjärtat som styr den (Gudomens hjärta, orben), bestämmer han sig för att ta livet av sig eftersom han trots allt är grunden till det hela. Han ville försörja sin familj, skydda sin barn men istället offrades dem på kuppen och skakade om världen. Att han i slutet av spelet går mot en typisk trappstegspyramid från centralamerika symboliserar att han ska avsluta det hela, galenskapen, där det började. Maskinen han sätter sig i som tar livet av honom symboliserar den avancerade teknologin som skulle användes för att slakta hela världen likt grisar, och nu han själv.
