Kanske en dum fråga men...

Definera lång tid.

Det kanske är många filer som skall jämföras, kontrolleras och verifieras. Det är nog helt enkelt mycket data som skall tuggas

hur ska man kunna svara på vad som är flaskhalsen om du inte har skrivit info om datorns komponenter ?
vilket windows ?

har du stresstestat datorn funkar den normalt annars

Flaskhalsen är antagligen windows update. Bland annat .NET uppdateringar brukar gå rätt så segt.

Tror du inte har fattat vad flaskhals är va? Flaskhals är när en komponents "tak" (ju högre tak, desto mer prestanda) är mycket lägre än resten av komponenternas "tak" då. Oftast brukar det vara CPU VS GPU. Kan bli i vissa fall att hårddisken eller ramet håller tillbaka. Om det nu är så att du har en gtx 780ti och en q6600 på 2.5ghz så kommer cpu:n att gå i taket (100%) långt innan grafikkortet ens får jobba något hårt. Kan lika gärna vara tvärtom, t.ex. att du har en i7 på 4.8 ghz men som försöker samarbeta med ett gt 230, du kommer inte långt på det då gt 230:t körs i 100% långt innan i7:an får ens jobba i 20%. Detta märker du oftast i spel eller krävande program. Tror dock ej att NÅN komponent körs i 100 % i windows update, tar bara tid helt enkelt, om du inte har någon retrokomponent i burken. Du får gärna dela med dig din dator specs. (Hoppas du förstår vad flaskhals är nu, är inte den bäste på att förklara!)

EDIT: jag antar att det är en nybyggd dator va? Kan vara lite trögt med windows update i början, många saker på en o samma gång, samt att det är en windowsprocess i bakgrunden som alltid tuggar på kraft (normalt att det är så med nya datorer)