Skillnaden är gränssnittet, hur de kommunicerar med moderkortet/kontrollerkortet. SATA är marginellt bättre (aningen snabbare). Fysiskt sätt så är SATA mycket bättre då kablarna är betydligt mindre och smidigare.
Sen är SATA-hårddiskar oftast nyare (utvecklingen sker där) och på så sätt bättre.