Jag har exakt samma problem, läste då någonstans att det kunde ha med minnet att göra. Jag har bevakat användningen och det går aldrig högt, samt att det har fungerat felfritt i alla fall tre år nu.
Testade även att plocka ur och sen in med stickorna igen men det gjorde ingen skillnad.
Problemet uppstår i felsäkert och normalt läge, energiinställningar hade ingen påverkan heller. Jag har testat att plugga ur mus och tangentbord i ren desperation men det hade (föga förvånande) ingen effekt. Det är just explorer som hänger sig och inte programmen.
Edit:
Jag sitter på en stationär med Asus P5Q Pro som mammaplanka och 2 x 2GB i RAM, Windows 7 Enterprise.
Edit 2:
Även i Linux beter sig datorn konstigt. Jag kan använda hemsidor men jag kan inte flytta programfönstret utan måste vänta ett tag och sedan testa igen, varpå det slumpmässigt fungerar att flytta fönstret. Börjar därmed tro mer på hårdvarufel än systemfel då det sker i felsäkert(windows), normalt läge samt i Linux.
Edit 3:
Jag kan med relativt stor säkerhet säga att det är musen som krånglar. Bytte till en annan och problemet har inte uppstått under hela dagen, istället för var tredje minut.