Jag skulle säga att det är en bugg, knappast en designmiss. Jag har inte papperskorgen aktiverad på min Synology NAS och har inte dessa problem generellt. Under de år jag haft min NAS har jag har använt download station en hel del, och hade tre filer som låg kvar.
En tråkig bugg givetvis, som de nu är medvetna om, så förhoppningsvis blir det fixat i en kommande uppdatering.