Det som spelet cirkulerar kring är en kille vid namn Strelok och rykten om den s.k. "Wish Granter" som finns inuti det havererade kraftverket.
Denna Wish Granter uppfyller en önskan åt den som kommer dit. Problemet är att det inte bara är att ta sig dit utan att orsaka massa andra problem
med det instabila kraftverket såsom nya explosioner. Man har redan haft två stycken, och man vill inte ha fler.
Att det är instabilt märks i spelet genom bl.a. blowouts, d.v.s. Radioaktiva korta stormar/tryckvågor som dödar mycket i sin väg om man inte tar skydd.
Clear Sky (Prolog): Spatserar runt i zonen i andra ärenden, ni råkar ut för en blowout. Du vaknar upp hos en av faktionerna i zonen som kallas för Clear Sky utan att ha en aning om något och får höra historien om den vansinnige Strelok, och spelet går i grund och botten ut på att hjälpa till att stoppa Strelok från att nå fram till reaktorn. Det finns mycket mer än så till spelet, men det är liksom grundpelaren.
Shadow of Chernobyl: I Clear Sky spenderar du stor del av din speltid med att stoppa Strelok från att göra det han vill göra, och du lyckas.
I Shadow of Chernobyl spelar du som Strelok (detta tog ett tag för mig att förstå), du har varit så nära Wish Granter en gång, och nu är det dags igen.
Call of Pripyat (epilog): Anledningen till Call of Pripyat kräver att man varit med på slutet i Shadow of Chernobyl. När Strelok når fram till reaktorn har militären samtidigt flygövningar över zonen, och precis som man trott så orsakar Streloks intrång en stor blowout vilket resulterar i att helikoptrarna störtar.
Du skickas in som en agent från försvaret för att undersöka vad fan som hände med helikoptrarna.
Sen finns det lite olika slut på spelen beroende på hur du spelar, vilka faktioner du går med etc.
För faktionerna vill olika, och sen så har du Monolith som bara är seepeen.
Sen om någon läser detta och har tolkat storyn annorlunda så säg gärna till.