Långsam hårddisk vid till synes slumpmässiga tillfällen

Hejsan!
Har problem med min ca ~1,5 år gamla Samsung 1TB disk (kan kolla upp specifik modell vid behov).
Jag har två stycken diskar av samma typ, båda för främst lagring och jag kör mitt system och de flesta spel via min Intel 520 SSD.

Ända sedan jag införskaffade min SSD, så började jag ha problem med just denna disken vid tillfällen.
Ibland så kan den fungera perfekt, utan några specifika benchmark siffror så presterar den där den bör, runt ca ~120-150 mb/s läshastighet.
Vid andra tillfällen, vilket för mig verkar vara helt slumpmässigt är det omöjligt att ens spela upp xvid encodade filmer eller att bara unzippa valfritt innehåll.
Det händer även att disken helt försvinner när detta händer, jag kan inte längre lista den i "den här datorn", men jag kan se den igen om jag bara rebootar.

Värt att tillägga kan vara att den andra disken som fungerar perfekt vid alla tillfällen är inte partitionerad och relativt nyligen formaterad medans disken som har problem är partitionerad och har inte blivit formaterad på ett längre tag.

Mer info om specifika detaljer kan självklart ges vid behov.

Är det någon som har erfarenhet av detta och som har lite idéer om vad problemet kan vara?

Antar att detta inkluderas i Health kollen i HD Tune?
Allt sägs vara OK där samt inga skadade block i Error scan.

Funderar på om det kan vara några problem med SATA Controllern.
Har ett MSI P67A-GD65(B3) och hade tidigare lagringsdiskarna i port 5-6 och har nu flyttat dem till 3-4, ska kolla snart om det hjälper.

Verkar som om det var något problem med kablarna / SATA portarna.
Flyttade diskarna från port 5-6 till port 3-4 och nu lyckades jag flytta 500 gb utan några problem.
Det kan även ha varit någon kabel som suttit illa, nu blir det iaf till att formatera disken efter backup har tagits.

Tack för hjälpen!