!Hjälp! skrivning av array till/från fil! PHP

Hej!

Har ett problem i php som jag inte lyckas lösa.
Jag har ett antal nummer skrivna på en txt fil liknande:
4
2
5
16
2
4
Det jag vill göra är att läsa in nummerna till en array så platsen 0 -> 4, 1->2, 2->5. 3<16 osv. Sen uppdaterar jag nummerna(ökar bara värdet med 1 eller 2) i min kod och sedan vill jag skriva ut dem.
Problemet är att de skriv inte ut som jag vill. Så här skrivs de ut:
4

2

5

16
osv.
jag vill få den som den var ovan.

Hoppas jag fick med allt där.
Min kod:

<?php 
$scoreNo = array(); //även testat med  $scoreNo = array(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);

$fileN = fopen("./Txt/answerN.txt", "r") or exit("Could not open NO file");

$i = 0;
while(!feof($fileN ))
{
	$scoreNo[$i] = fgets($fileN); //läsa in rad per rad

       $i++;
}
fclose($fileN);

//uppdatera platserna scoreNo


$fileN = fopen("./Txt/answerN.txt", "r+") or exit("Could not open NO file");
$i = 0;
foreach($fragor as $value)
{
$var_2 = $scoreNo[$i] . "\r\n" ; //funkar inte med bara "\r" eller "\n" Blir inget radbyte

fputs($fileN, $var_2); //skriv ut
}

Jag lyckas inte lösa detta och blir tokig:)
Tack på förhand!

$i = 0;
foreach($fragor as $value)
{
$var_2 = $scoreNo[$i] . "\r\n" ;

fputs($fileN, $var_2); //skriv ut
}

Var för snabb när jag skrev(ctrl c, ctrl v:)) Fragor är en array med frågor som jag includeerar från en annan fil, och ja glömde skriva ut i++ i foreach loopen

$lines = file('./Txt/answerN.txt', FILE_IGNORE_NEW_LINES)

foreach ($lines as $row => $line) { kod här }

Tack för svar!
Du menar när jag ska läsa in eller när jag ska skriva ut?
Hänger inte riktigt med.

Edit: testade

foreach ($lines as $row => $line) 
{	$var_2 = $scoreYes[$i] . "\r\n" ;
	fputs($fileY,$var_2);

	}

Det funkde engång, men när jag testade igen hade det blivit ett extra "hopp" mellan varje nummer.
först skrev den ut som jag ville tex:
2
4
5
7
3
Men sen när jag uppdaterade så blev det samma fel igen.
2

4

5

7

3