Har sökt men hittar inga bra svar på detta problem...
Sitter med en hemsida som har en #container och sedan en #main innuti den, både containern och main har "height:100%;" och detta funkar utmärkt i FF2.0 och senaste Opera. Dock inte i IE7.0 (inte testat 6.0), i IE så slutar #main mycket längre upp än vad den borde göra.
Inte lösningen på ditt problem men ett nytt:
Om du gör browser fönstret mindre än sidan, så att du bara ser t.ex: bannern, så kommer #main att bli mycket kort. Detta i Firefox 2, detta beror på att 100% av firefox här tolkas som höjden på fönstret. Har inte testat i IE.