Om du har kollapsat modifier stacken så kan du inte ångra dig. Jobba non-destructive till så stor grad som är möjligt, behåll modifier stacken.
Det är verkar finnas script som delvis kan automatisera borttagningen av chamfern likt den här http://www.scriptspot.com/3ds-max/scripts/tags/chamfer-remove men det lär bero på hur komplex meshen är.