Forum Mjukvara Linux och övriga operativsystem Tråd Inlägg

conda command not found

1
Skriv svar
Permalänk
Medlem
●

conda command not found

Jag försökte följa länken nedan för att lösa felmeddelandet. Kom genom första delen men sedan så får jag igen ett felmeddelande.

Instruktioner:
https://linuxhint.com/conda-command-not-found/

Resultatet:

Så min fråga är om någon vet hur jag kommer vidare.

Varför jag hamnade här var då jag försökte följa instruktioner i kursen där man ska göra det som står på bilden nedan. När jag skrev in det röda (efter att ha gjort resten ovan) så fick jag "conda command not found".

Det som jag innan dess hade gjort var det nedan. Men "which python" gav inget, inte heller ett felmeddelande. "ls" gav Anaconda3. Efter att ha följt länken ovan (linuxhint...) så ger "ls" : Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh.1 anaconda3.

Redigera
Citera flera Citera
Permalänk
Medlem ★
●

Anaconda/conda sätter upp en egen miljö med python och libraries färdiginstallerat.
Att bara installera conda gör ingenting men när du har det bör du kunna köra kommandot och köra kursens pythonmmiljö i en terminal.

Redigera
Citera flera Citera
Permalänk
Medlem ★
●

Jag har haft sjukt mycket problem med de senaste versionerna av Anaconda i Linux. Senaste året har typ ingenting fungerat, och det blir allt sämre i Windows också.

Det finns säkert lösningar på dina problem, men jag varnar för att det kan vara ett rejält kaninhål. Bioconda går t.ex knappt att köra på nya Linux-distar pga kasst underhåll.

Jag arbetar bland annat med bioinformatiska analyser, vilket jag förstår att du ska försöka dig på? I så fall rekommenderar jag att försöka hitta färdiga Docker-bilder i stället, alternativt skippa virtuella miljöer och installera programmen separat i stället. I de flesta fall behöver du typ bara R och Python. Jag och många av mina kollegor har alltmer övergett Anaconda.

Redigera
Citera flera Citera
Permalänk
Medlem ★
●

Du laddar ner installationsfilen till din home-mapp (d.v.s. ~) men försöker köra den från ~/Downloads. Ta bort Downloads från sökvägen så borde det gå bättre.

Att which python inte gav något beror på att den i Ubuntu heter python3 istället. Du kan installera python-is-python3 (sudo apt install python-is-python3) om du vill ha ett alias så att du bara kan anropa python istället.

Det finns för övrigt officiella instruktioner för att installera Anaconda.

Redigera
Citera flera Citera
Permalänk
Medlem
●
Skrivet av pacc:

Anaconda/conda sätter upp en egen miljö med python och libraries färdiginstallerat.
Att bara installera conda gör ingenting men när du har det bör du kunna köra kommandot och köra kursens pythonmmiljö i en terminal.

Gå till inlägget

Jag förstod inte ditt svar. Men jag måste installera Anaconda3 och använda Ubuntu i kursen. Anaconda3 verkar vara installerat men conda kommandot funkar inte.

Redigera
Citera flera Citera
Permalänk
Medlem
●
Skrivet av Emma242:

Jag har haft sjukt mycket problem med de senaste versionerna av Anaconda i Linux. Senaste året har typ ingenting fungerat, och det blir allt sämre i Windows också.

Det finns säkert lösningar på dina problem, men jag varnar för att det kan vara ett rejält kaninhål. Bioconda går t.ex knappt att köra på nya Linux-distar pga kasst underhåll.

Jag arbetar bland annat med bioinformatiska analyser, vilket jag förstår att du ska försöka dig på? I så fall rekommenderar jag att försöka hitta färdiga Docker-bilder i stället, alternativt skippa virtuella miljöer och installera programmen separat i stället. I de flesta fall behöver du typ bara R och Python. Jag och många av mina kollegor har alltmer övergett Anaconda.

Gå till inlägget

Tack för tipsen! Tyvärr måste jag använda Linux, Ubuntu, Anaconda3 och Python (jag är inte hemma i detta så vet knappt vad jag räknar upp men de programmen ska användas enligt instruktionerna, och läraren). Det är "biomolecular simulations" jag ska göra mha VMD, snellius (supercomputer), och bla dessa program.
Ska dock helt klart ta med dina tips till läraren och speciellt den PhD jag jobbar med

Redigera
Citera flera Citera
Permalänk
Medlem
●
Skrivet av perost:

Du laddar ner installationsfilen till din home-mapp (d.v.s. ~) men försöker köra den från ~/Downloads. Ta bort Downloads från sökvägen så borde det gå bättre.

Att which python inte gav något beror på att den i Ubuntu heter python3 istället. Du kan installera python-is-python3 (sudo apt install python-is-python3) om du vill ha ett alias så att du bara kan anropa python istället.

Det finns för övrigt officiella instruktioner för att installera Anaconda.

Gå till inlägget

Dock förstår jag inte den lösningen på "conda command not found" (inte riktat till dig, utan till länken med hjälp till att lösa felmeddelandet). Jag har ju redan Anaconda3. Jag testade ditt tips men kommer till att det redan är installerat. Jag testade att lägga till "-u" och uppdaterade, vilket inte hjälpte heller med "conda" problemet.

which python:
TACK!!

Jo jag vet. Men jag följde lärarens instruktioner för jag tänkte att det väl måste finnas någon poäng med att hon inte bara hänvisade till länken. Men skulle kanske inte gjort det... Hon verkar inte riktigt ha koll på allt i sin instruktion...

Redigera
Citera flera Citera
Permalänk
Medlem ★
●

Du har installerat det men den förstår antagligen inte var du har installerat det.
Testa att lägga till export PATH="/home/dittanvändarnamn/anaconda3/bin:$PATH till filen .bashrc
Kolla för övrigt att den där mappen finns, för annars gör det ju ingen nytta att lägga till den där raden.
Öppna filen genom att skriva "sudo nano ~/.bashrc" i terminalen.
Ladda om filen genom att skriva "source ~/.bashrc" i terminalen.

Redigera
Citera flera Citera
Permalänk
Medlem ★
●
Skrivet av Tayg:

Tack för tipsen! Tyvärr måste jag använda Linux, Ubuntu, Anaconda3 och Python (jag är inte hemma i detta så vet knappt vad jag räknar upp men de programmen ska användas enligt instruktionerna, och läraren). Det är "biomolecular simulations" jag ska göra mha VMD, snellius (supercomputer), och bla dessa program.
Ska dock helt klart ta med dina tips till läraren och speciellt den PhD jag jobbar med

Gå till inlägget

Kan tipsa om att det finns Docker-bilder med färdig Anaconda-installation, t.ex:
https://hub.docker.com/r/continuumio/anaconda3/

Då har någon annan gjort skitjobbet åt dig. Docker är busenkelt med Docker Desktop som finns till Windows, Mac och Linux.

Vi kör i princip bara Docker-bilder nuförtiden för både egna analyser och undervisning. Mindre sadistiskt mot studenterna så, samtidigt som man vet att alla studenter sitter i exakt samma miljö.

Senast redigerat
Redigera
Citera flera Citera
Permalänk
Datavetare ★
●

OBS: kör allt nedan i en helt ren Ubuntu 22.04 installation i Docker, därför jag kör som "root"...
Där det står "/root/" kommer det på en "riktig" installation vara /home/<username>/

Från nedladdning. OBS: kör på en Mac så använder ARM64, i ditt fall ska det nog vara denna som ska laddas ned
https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-x86...

root@dcc0d3fbbc11:~# wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-aar...
root@dcc0d3fbbc11:~# sh Anaconda3-2022.10-Linux-aarch64.sh

Edit: @Tayg detta steg går fel i ditt fall om man tittar på första post. När du kör "wget" hamnar ju filen i katalogen du står vilket i ditt fall är hemkatalogen och inte ~/Downloads!!

I ditt fall ska det då vara

$ bash Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

Antar att du i slutändan kom vidare från detta, ingen nedan är relevant innan du kommer vidare från detta steg.

Man får ju en del frågor under installationen av Conda, vad svarade du t.ex. på denna?

Do you wish the installer to initialize Anaconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>>

Svarar man "yes" får man detta

modified      /root/anaconda3/condabin/conda
modified      /root/anaconda3/bin/conda
modified      /root/anaconda3/bin/conda-env
no change     /root/anaconda3/bin/activate
no change     /root/anaconda3/bin/deactivate
no change     /root/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh
no change     /root/anaconda3/etc/fish/conf.d/conda.fish
no change     /root/anaconda3/shell/condabin/Conda.psm1
no change     /root/anaconda3/shell/condabin/conda-hook.ps1
no change     /root/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/xontrib/conda.xsh
no change     /root/anaconda3/etc/profile.d/conda.csh
modified      /root/.bashrc

==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==

If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup, 
   set the auto_activate_base parameter to false: 

conda config --set auto_activate_base false

Thank you for installing Anaconda3!

===========================================================================

Working with Python and Jupyter is a breeze in DataSpell. It is an IDE
designed for exploratory data analysis and ML. Get better data insights
with DataSpell.

DataSpell for Anaconda is available at: https://www.anaconda.com/dataspell

Antar att du loggat ut och sedan loggat in igen (eller manuellt kört ~/.bashrc)?

När Conda är aktiverat ska du se detta (jag aktiverade det genom att manuellt köra ~/.bashrc)

root@dcc0d3fbbc11:~# which conda
root@dcc0d3fbbc11:~# . ~/.bashrc 
(base) root@dcc0d3fbbc11:~#

Notera "(base) ..." prefixet, det säger att jag nu initierat Conda och befinner mig i "base" miljön

I det läget hittas "conda" binären och du kan köra vidare

(base) root@dcc0d3fbbc11:~# which conda
/root/anaconda3/bin/conda

När man kör python på detta sätt använder man inte heller den python som eventuellt redan finns installerad, man använder den som kommer med Anaconda

(base) root@dcc0d3fbbc11:~# which python
/root/anaconda3/bin/python
Senast redigerat
Visa signatur

Care About Your Craft: Why spend your life developing software unless you care about doing it well? - The Pragmatic Programmer

Redigera
Citera flera Citera
Permalänk
Medlem
●
Skrivet av Yoshman:

OBS: kör allt nedan i en helt ren Ubuntu 22.04 installation i Docker, därför jag kör som "root"...
Där det står "/root/" kommer det på en "riktig" installation vara /home/<username>/

Från nedladdning. OBS: kör på en Mac så använder ARM64, i ditt fall ska det nog vara denna som ska laddas ned
https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-x86...

root@dcc0d3fbbc11:~# wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-aar...
root@dcc0d3fbbc11:~# sh Anaconda3-2022.10-Linux-aarch64.sh

Edit: @Tayg detta steg går fel i ditt fall om man tittar på första post. När du kör "wget" hamnar ju filen i katalogen du står vilket i ditt fall är hemkatalogen och inte ~/Downloads!!

Man får ju en del frågor under installationen av Conda, vad svarade du t.ex. på denna?

Do you wish the installer to initialize Anaconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>>

Svarar man "yes" får man detta

modified      /root/anaconda3/condabin/conda
modified      /root/anaconda3/bin/conda
modified      /root/anaconda3/bin/conda-env
no change     /root/anaconda3/bin/activate
no change     /root/anaconda3/bin/deactivate
no change     /root/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh
no change     /root/anaconda3/etc/fish/conf.d/conda.fish
no change     /root/anaconda3/shell/condabin/Conda.psm1
no change     /root/anaconda3/shell/condabin/conda-hook.ps1
no change     /root/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/xontrib/conda.xsh
no change     /root/anaconda3/etc/profile.d/conda.csh
modified      /root/.bashrc

==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==

If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup, 
   set the auto_activate_base parameter to false: 

conda config --set auto_activate_base false

Thank you for installing Anaconda3!

===========================================================================

Working with Python and Jupyter is a breeze in DataSpell. It is an IDE
designed for exploratory data analysis and ML. Get better data insights
with DataSpell.

DataSpell for Anaconda is available at: https://www.anaconda.com/dataspell

Antar att du loggat ut och sedan loggat in igen (eller manuellt kört ~/.bashrc)?

När Conda är aktiverat ska du se detta (jag aktiverade det genom att manuellt köra ~/.bashrc)

root@dcc0d3fbbc11:~# which conda
root@dcc0d3fbbc11:~# . ~/.bashrc 
(base) root@dcc0d3fbbc11:~#

Notera "(base) ..." prefixet, det säger att jag nu initierat Conda och befinner mig i "base" miljön

I det läget hittas "conda" binären och du kan köra vidare

(base) root@dcc0d3fbbc11:~# which conda
/root/anaconda3/bin/conda

När man kör python på detta sätt använder man inte heller den python som eventuellt redan finns installerad, man använder den som kommer med Anaconda

(base) root@dcc0d3fbbc11:~# which python
/root/anaconda3/bin/python
Gå till inlägget

Stort tack för att du tog dig tid att skriva ihop detta!! Jag valde till slut nu (skulle in och skriva att problemet var löst) att avinstallera det jag installerat enligt lärarens instruktioner och följa de instruktioner som finns på nedladdningssidan. Nu funkar allt som det ska.

Redigera
Citera flera Citera
1
Skriv svar
Senaste nyheterna
Hårdvara
Mjukvara
Övrigt
Nytt i forumet
Datorkomponenter
System
Ljud, bild och kommunikation
Spel och mjukvara