Jag är inte helt glassklar över vad du försöker göra men det är två saker som förbryllar mig med den andra loopen:
1.) Du sätter $i till 0, men ökar det aldrig i loopen.
2.) Du loopar igenom $fragor men jag ser ingen sån i koden, vilket borde betyda att den andra loopen inte körs. Hade den kört så borde (enligt mig i alla fall) alla rader ha samma värde eftersom du aldrig ökar $i
$i = 0;
foreach($fragor as $value)
{
$var_2 = $scoreNo[$i] . "\r\n" ;
fputs($fileN, $var_2); //skriv ut
}