Guide: BIGADV-foldning
Guide för BIGADV-foldning.
1. Inledning
Denna guide är avsedd till att komma igång med BIGADV-folding och baseras på uppgifter jag samlat inför, under och efter körning av mina första BIGADV-WU’s. Denna guide ger dig inte den perfekta basen för att folda dessa men bra nog för att förhoppningsvis få en inblick och intresse att prova på.
2. Systemkrav
2.1. CPU
För att kunna folda dessa jätte WU’s behövs väldigt kraftfull hårdvara. Systemet måste kunna tillhandahålla 8 trådar som minst. Detta utesluter alla processorer förutom LGA 1156-processorerna i7 860 och i7 870 samt samtliga LGA 1366-processorer. Din CPU kommer även behöva klara av en klockfrekvens kring 4GHz med HyperThreading aktiverad om du vill få tillgång till den åtråvärda bonuspoängen.
För dual socket system bör även LGA 771 Xeon Quads gå bra. LGA 1366-baserade dual socket system är det absolut bästa.
2.2. RAM
Systemet behöver också mycket RAM. I dagsläget rapporteras det att man minst bör ha 4,6GB RAM ledigt för foldklienten. Detta innebär att 6GB Ram är absolut minimum, 12GB rekommenderas.
2.3. Kylning
Då din CPU kommer få arbeta hårt och med hög klockfrekvens räcker inte standardkylning till. För att kunna få ut bonus-PPD kommer du med dagens fyrkärniga HyperThreading-processorer behöva en klockfrekvens kring 4GHz. Då värmeutvecklingen är stor vid denna klockfrekvens behövs kraftig kylning. Highend luftkylare och vattenkylning rekommenderas. Foldar du idag med SMP-foldning så bör din nuvarande kylning räcka, förutsatt att du känner dig bekväm med temperaturerna.
2.4. Operativsystem
Du måste ha ett 64-bitars operativsystem. Windows 7 64-bit och Ubuntu 9.10 64-bit rekommenderar jag personligen. Windows XP 64-bit och Vista 64-bit liksom alla olika 64-bitars Linuxdistributioner och versioner av dessa bör även dessa gå bra.
Linux är det bästa valet då det är resurssnålare (Windows behöver både hålla igång sig själv och en VM (Virtual Machine). Det ska nämnas att jag inte haft möjlighet att exakt kolla hur stor skillnad det blir. Det blir lättare att klara sig på 6GB RAM under Linux åtminstonde.
3. Risker
Det finns dessvärre tråkiga saker man bör ha i åtanke.
3.1. Förlorat arbete
Då dessa WU’s är stora och tar lång tid att slutföra så ökar risken att man tappar tid och arbete om fel uppstår.
3.2. Förlorad bonus / tidsbrist
Då dessa WU’s har en bonus som baseras på den tid det tar att slutföra WU så minskas bonusen vid utebliven arbetstid dessutom. För att få någon bonus så måste du slutföra din WU samt skicka in resultatet till Stanford inom tre dagar. Efter tre dagar uteblir bonusen och det enda du får är poängen för den WU du arbetat på. Som vanligt, klarar du inte din WU’s slutgiltiga tid så får du inga poäng alls. Väldigt viktigt att tänka på om man har tid och möjlighet att klara av att slutföra WU då vanlig SMP-foldning annars är ett bättre val.
Dedikerade foldsystem tjänar mest på BIGADV-foldning. Systemet behöver köras dygnet runt vilket kan ställa ytterliggare krav på ljudnivå.
4. Fördelar
4.1. Bonus
När du foldar med BIGADV får du även tillgång till den tidigare nämnda bonusen. Den bonus du får räknas ut på den tid det tar att slutföra din WU. Det går att få ett hum om hur stor bonus man kan få genom att folda en frame från en BIGADV-WU och fylla i tiden i minuter och sekunder i följande kalkylator: Folding@home Bigadv Bonus Point Calculator
Observera att uträkningen endast stämmer någorlunda om systemet får stå orört tiden ut och arbeta. Stänger du av foldningen så förlorar du tid och bonusen sjunker.
Exempel:
Mitt system jag foldar på är klockat till 3,8GHz, HT aktiverat. 6GB DDR3 i 1520MHz CL7-7-7-24 Command Rate 1N och jag får ut en ungefärlig TPF (Time Per Frame) på 33 minuter och 43 sekunder för att utföra en frame. Jag fyller i detta i kalkylatorn och får då fram följande:

Då mitt system ostört får arbeta klart sin WU så vet jag att jag kan arbeta med en PPD (Points Per Day) på ca 24 000-25 000PPD. Betydligt bättre än de ca 8000PPD jag fått med exakt samma system med vanlig fahcore_A2/SMP-foldning. Obsera även tiden; 2,34 dygn är den beräknade tiden för att mitt system ska hinnar klart. Jag får vid den TFP på bilden ca 32000 i bonus. Värt att tänka på är att FahMon inte beräknar med bonus utan enbart visar PPD för baspoängen (ca 11 000PPD).
Skulle jag av någon anledning välja att avbryta min foldning och och mitt arbete blir klart först efter tre dygn så kommer jag endast få baspoängen (25403) Poäng vilket ger en betydligt lägre PPD.
Nu har jag låtit min dator fått arbeta klart denna WU ifred och kan tillslut få se poängen jag fått för den:

57 080 poäng på en WU är fint.
4.2. Effektivitet
Som jag innan nämnde så kan du med i princip samma energiförbrukning rejält öka den PPD du får om du idag SMP-foldar. Kraven är hårda men för de system som detta fungerar på är det väl värt att överväga riskerna och sätta igång.
Är du dessutom lycklig ägare av ett dual socket-system så kan du rejält öka din PPD då dessa system med minst 8 riktiga kärnor presterar riktigt bra, får en låg TPF och får riktigt rejäla bonusar.
Se följande tråd hos Foldingforum.org som listar toppresterande BIGADV-system och den PPD de får. Ger även dig ett hum om hur ditt system presterar och gör det lite lättare att få ett hum över vad ditt system bör kunna klara.
Folding Forum • View topic - Top -bigadv systems
5. Förberedelser
5.1. Överklockning
Har du kollat i listorna och konstaterat att ditt system inte klarar av en tillräckligt högt TPF så kan överklockning vara värt att överväga. Jag tänker inte gå in på överklockning i denna guide utan föreslår ett besök till FAQ’n för överklockning: http://www.sweclockers.com/forum/showthread.php?s=&threadid=7...
5.2. Stabilitet
Då ditt system kommer lastas hårt i flera dagar, i vissa fall veckor, är det viktigt att ditt system är stabilt. Detta gäller såväl ett oklockat som överklockat system.
Personligen föredrar jag att använda LinX (Linpack-baserat) men OCCT går även det bra då även den innehåller Lintest. Systemet bör minst klara av att köras i ett par timmar utan beräkningsfel/BSOD eller liknande. Passa även på att se över kylningen, jag får inte så höga temperaturer när jag foldar som när jag kör LinX men likväl kan ditt system bli varmt. Kom ihåg att ditt system konstant kommer ligga på samma temperatur.
Kolla gärna även ditt RAM för fel. Memtest rekommenderas, och följer du min guide kommer du få den med Ubuntu 8.04LTS. Bränn ut ISO-filen på en skiva, boota från skiva och välj minnestestet.
LinX: LinX - A simple Linpack interface - XtremeSystems Forums
OCCT: Download - OCCT Website english
5.3. Passkey
Du behöver även börja använda en passkey om du inte redan gör det.
Gå in till passkey formuläret Folding@Home och fyll i det användarnamn (donorname) som du idag använder. För mig blir det anders190. Fyll i den epost du vill koppla till din passkey och tryck sedan på ”Get passkey”.
Du får sedan ett mail skickat till din epost från Stanford där din personliga passkey finns med. Denna ska du senare lägga till i konfigurationsfilen för din SMP-klient.
För övrig info angående passkey; se FAQ’n hos Stanford: Folding@home - FAQ-passkey
5.4. Windows eller Linux?
Nu är det dags att bestämma dig för vilket operativsystem du vill folda under.
5.4.1. Windows
Eftersom Windows inte klarar av att folda med fahcore_A2 så behöver du köra ett virtualiseringsprogram för att köra en Linux-distrubution under Windows. Flera val finns där de två främsta är VMWare och Sun Virtualbox. Då jag mest använt VMWare Player 3 så tänker jag endast ta upp denna.
5.4.2. Linux
Linux har bäst grundförutsättningar för att så effektivt som möjligt kunna folda. Detta alternativ är nog bäst för de linuxvana och jag förutsätter att ni som använder detta har kunskap och erfarenhet nog utav att köra ett Linuxsystem. Jag har valt att använda Ubuntu 8.04 i guiden då jag är mest van vid denna. Vad ni själva väljer är upp till er.
6. Installation (Windows)
Jag förutsätter att du redan installerat och ställt in ditt system som du vill ha det.
6.1. Hämtning av filer
6.1.1. VMWare Player 3
VMWare Player 3 är gratis och kan hämtas från exempelvis VMWare Temporary Maintenance - VMware. Då stödet för fler än fyra trådar försvunnit efter build 203739 så måste denna eller äldre användas. Nyare fungerar inte i dagsläget.
Installera programmet.
6.1.2. Ubuntu 8.04LTS
Ubuntu 8.04LTS är gratis och kan hämtas från Download Ubuntu | Ubuntu
Kom ihåg att du måste ha 64-bitars utgåvan även här.
Tryck på ”Alternative download options..”, Tryck sedan i ”Download Ubuntu 8.04LTS” och markera tillsist ”64-bit version”. Välj sedan ”Sweden” som nedladdningsplats och tryck sedan på ”Begin download”.
6.2. Konfigurering av VMWare Player 3
Starta upp VMWare Player 3.

Tryck på ”Create a New Virtual Machine”

Peka på ISO-filen av Ubuntu 8.04LTS du innan laddat hem.
På nästa fönster fyller du i namn samt inloggningsinformation för ditt Ubuntu 8.04LTS.

Döp din VM till vad du vill. Välj sedan vart du vill placera den.
Efterföljande ”Specify Disk Capacity”-rutan kan du godkänna som den är om du vill.

Kryssa ur ”Power on...” och tryck sedan på ”Customize Hardware”-knappen.

Det enda du behöver göra här är att ändra minnet till minst ca 4900MB. Har du mer minne än vad jag har så öka gärna ytterliggare. Tryck sedan på ”OK”, sen ”Finish” och stäng av programmet.

Gå in i utforskaren och leta upp den mapp där du tidigare valde att spara din nya VM. I mappen hittar du ett par filer. Högerklicka på filen som slutar med .vmx, högerklicka och välj öppna med och välj notepad i listan.

I denna lista lägger du till följande:
numvcpus = "8"
Raden lägger till ett customkommando för att tillåta, i detta fall, 8 kärnor till VM. Eftersom BIGADV kräver 8 kärnor så behövs detta. Självfallet krävs 8 fysiska kärnor eller 8 trådar (fyra kärnor med HT).
Spara och stäng filen. Starta VMWare Player igen.
Markera din nyskapade VM, tryck på ”Edit virtual machine settings”.

Har allt gjorts rätt så visas 8 kärnor. Tryck ”OK”.
6.3. Installation och konfiguration av VM
Starta VMWare Player och tryck ”Play virtual machine”..
6.3.1. Installation
Ubuntu 8.04LTS installeras automatiskt. Logga in när installationen är klar.
6.3.2. Byte av tangentbordslayout
Gå till System, Preferences, Keyboard. Välj fliken ”Layouts”, tryck på ”Add...” och välj ”Sweden”. Tryck ”Add”. Markera USA och tryck på ”Remove”. Tangentbordslayouten är nu bytt.
6.3.3. Installation av fold-klienten.
Öppna terminalen (Application, Accessories, Terminal) och skriv eller kopiera in följande:
mkdir ~/folding
cd folding
wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6...
tar xzf FAH6.29-Linux.tgz
chmod +x fah6
6.3.4. Konfiguration av fold-klienten.
För att ställa in ditt användarnamn, lagnummer och passkey skriver du in följande i terminalen:
./fah6 -configonly

Fyll i ditt användarnamn du foldar med, i mitt fall anders190. Tryck enter. Fyll även i lag, i vårat fall 37451. Sedan fyller du i passkey, klistra eller skriv av det du tidigare fick skickat från stanford i terminalen när detta efterfrågas.
När ”Acceptable size of work assignment...” visas skriv ”big” i terminalen.
Lägg inte till -advmethods under de avancerade inställningarna då detta kan störa -bigadv.
Efter detta är konfigureringen klar.
6.3.5. Utdelning av arbetsmapp
Om du vill övervaka foldningen med FahMon kan du göra följande.
Tryck på ”Places, Home”. Högerklicka på mappen som heter ”folding” och välj ”Sharing Options”. Bocka i ”Share this folder” och tryck sedan på ”Install service” när frågan om installation av windowsfildelning kommer upp. Skriv in ditt lösenord. När installationen är klar tryck ”Close”. Välj sedan ”Restart session”. Bocka i ”Guest Access”.
7. Foldning
7.1. Start av foldning
För vanlig foldning eller för att nå upp till kravet för bonus kan du starta med följande:
cd ~/folding
./fah6 -smp 8
Foldning startas nu och efter att du gjort tio stycken vanliga WU’s med passkey och A2-core så kommer du kunna folda bigadv WU's få bonus. Observera att du kan köra 10st bigadv WU’s med passkey för att nå upp till kravet för bonus.
När du foldat tio eller fler A2-WU's kan du börja folda bigadv WU's och nu få bonus. Starta med:
./fah6 -bigadv -smp 8
Observera att du alltid måste folda med passkey med -bigadv. För att behålla rätten till bonus måste minst 80% av arbetet slutföras och skickas in inom tidsgränsen. Vanliga A2-core WU's kan användas för att öka andelen arbete som slutförts om värdet sjunker för mycket. Observera att vanliga A2-core WU's inte ger bonus.
7.2. Start och stopp av foldning och VM
För att stoppa foldningen trycker du CTRL+C. För att åter starta foldningen kan du trycka uppåtpil tills kommandot för att starta foldningen visar sig i kommandofältet. Kom ihåg att bonusen minskar om du avbryter foldningen då tiden det tar att hinna klart ökas.
Du kan försätta din VM i suspend (ungefär som en vanlig dator) och på så vis spara ner allt din VM höll på med. När man av någon anledning behöver stäng av foldningen kan man trycka CTRL+C i terminalen för att stoppa foldning, sedan trycka på "VM, Power, Suspend" för att spara ner din VM till hårddisk. När du sedan vill fortsätta startar du VMWare Player, markerar din VM i listan samt trycker på "Play virtual machine" för att fortsätta därifrån du var när du tryckte på suspend. Sedan är det bara att fortsätta foldandet genom att åter knappa in startkommandot för bigadv.
7.3. Oneunit-flaggan
Vill du bara köra en WU lägger du till -oneunit när du startar foldklienten. Endast en WU arbetas och klienten stänger sedan av sig när den är klar och har skickat in arbetet. För att folda en till WU startar du bara foldklienten igen med samma kommando, med eller utan -oneunit flaggan.
8. Slutord
Detta är ett av flera sätt att komma igång med bigadv-foldningen. Bättre optimerade sätt finns och det är fritt fram att testa och optimera din klient. Jag hoppas du som läsare fått ut något av att ha läst denna guide och känner för att prova på. Bidrag till guiden är välkommet och krediteras självklart.
Uppdateringshistorik
2010-01-15
Publicerad
2010-01-21
Styckena 4.2, 6.3.4, 7.1, 7,2 har uppdaterats. Tack till främst TheJerk, rulleeeee, EoZ men även ni andra som läst och kommit med kritik.
2010-01-23
Länkarna i stycke 6.3.3 visades felaktigt, tillrättat. Bindesstreck tillrättade i 6.3.3, 6.3.4 och 7.1. Tack EoZ & DimF!
2010-05-06
Stycke 6.1.1 har uppdaterats med information om VMware Player 3 build 203739. Tack STimmyS och él Mero!
Stycke 6.3.3 har uppdaterats då ny version av klienten släppts.